Новости

В ноябрьском номере газеты «Наука Урала» опубликована статья о Центре коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов» ИКВС УрО РАН»

Одноклеточные животные, относящиеся к подцарству простейших (их латинское название Protozoa произошло от греческих слов, означающих «первый» и «живое существо»), нечасто становятся «героями» научно-популярных публикаций. А между тем простейшие, открытые в конце XVII века изобретателем микроскопа Антони ван Левенгуком, обладают огромным видовым разнообразием. Хотя тело их состоит из одной клетки, у них, как и у сложноорганизованных организмов, есть полноценный обмен веществ, они чутко реагируют на колебания параметров среды, способны к половому и бесполому размножению. В природе простейшие выполняют важные экологические функции: регулируют биомассу бактериальных популяций, служат пищей для микроскопических беспозвоночных, мальков рыб, в качестве симбионтов многоклеточных животных участвуют в круговороте органики. Некоторые их представители (плазмодии, трипаносомы и другие паразиты) являются возбудителями опасных заболеваний человека и животных. В силу всего этого простейшие — объект пристального внимания микробиологов.
В Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН (г. Оренбург) биоразнообразие простейших в природных водоемах и симбиоз простейших с бактериями исследует группа кандидата медицинских наук А.О. Плотникова, который одновременно возглавляет институтский центр коллективного пользования, появившийся в ИКВС в 2014 г. Благодаря основному прибору центра — автоматизированной системе высокопроизводительного секвенирования — оренбургские микробиологи расширили методологию своих исследований и перешли на новый уровень анализа данных.

— Наш секвенатор позволяет выявлять ДНК не известных ранее микроорганизмов, — говорит Андрей Плотников. — Если раньше мы работали с отдельными культурами выделенных микроорганизмов, то теперь у нас есть возможность определять генетический состав микробных сообществ в образцах, взятых из природной среды, и отслеживать их динамику без трудоемкого культивирования. Ведь только 1% микроорганизмов можно вырастить в чистой культуре, т.е. в чашке Петри, а остальные 99% культивировать пока не научились. Это исследования в области метагеномики — нового раздела молекулярной генетики, изучающего набор генов всех микроорганизмов, находящихся в образце окружающей среды, — метагеном. Если же удается получить чистую культуру, то с помощью секвенатора мы можем охарактеризовать ее свойства по расшифрованному геному.
Сейчас мы завершаем анализ сообществ микроорганизмов из водоемов Уральского региона с различной минерализацией:  от солоноватых до суперсоленых рассолов. Мы можем сравнить состав микробных сообществ из уральских водоемов с «микробным населением» водоемов других континентов — Америки, Австралии. Нам удается выделять и описывать новые виды, поскольку соленые озера содержат большое количество неизвестных микроорганизмов. Так, в прошлом году вместе с сотрудницей нашего института Еленой Герасимовой и коллегой из Санкт-Петербургского университета кандидатом биологических наук Василием Златогурским мы описали три новых вида солнечников. Эти простейшие — хищники, они питаются другими мелкими организмами, улавливая их с помощью аксоподий — лучевидных цитоплазматических выростов. Название они получили потому, что клетка солнечника напоминает солнечный диск с лучами.
В соленых реках Приэльтонья — в окрестностях озера Эльтон — сотрудники ИКВС совместно с учеными Института микробиологии РАН (Москва) исследуют цианобактериальные маты. Так называются высокоинтегрированные сообщества микроорганизмов, которые продуцируют огромное количество органического вещества. В результате на дне водоемов формируются толстые слои органики. Нижние слои минерализуются, образуя строматолиты — доломитовые или известковые постройки. Эти окаменевшие структуры часто обнаруживают археологи. Согласно палеонтологическим данным цианобактериальные маты — самая древняя микробная ассоциация, которая появилась на Земле еще в архее.
В наше время цианобактериальные маты занимают экологические ниши, в которых отсутствует или слаба конкуренция со стороны более развитых форм жизни. Они способны выдерживать и экстремально низкие (в Антарктике), и очень высокие температуры (гидротермальные источники), широко распространены в соленых реках и озерах.
— В соленых водоемах эти микробные сообщества гораздо богаче, чем в пресноводных, — поясняет Андрей Плотников. — Здесь в минимальном объеме собраны тысячи видов бактерий, архей, цианобактерий, простейших и водорослей, образующих сложный симбиоз. В озере Эльтон и соленых реках Приэльтонья цианобактериальные маты достаточно тонкие, хотя по остальным характеристикам сопоставимы с аналогичными сообществами в других соленых водоемах. Маты, которые мы изучаем, однолетние, они растут на протяжении теплых летних месяцев, а осенью и зимой их поедают бактерии-деструкторы, так что весной дно озера снова чистое. Многолетние цианобактериальные маты формируются, например, в Сиваше, в содовых озерах Сибири и Средней Азии, но там другой микробный состав и метаболизм.
Мы получили уникальные штаммы простейших и бактерий, которые способны выживать в условиях высокой солености и экстремальных температур, а также в отсутствие кислорода. Их можно использовать в биотехнологических целях.
В нашем ЦКП развивается важнейшее направление геномики, связанное с расшифровкой геномов различных микроорганизмов и имеющее не только фундаментальное значение, но и прикладное — для биотехнологии и медицины. Например, мы расшифровали геномы пробиотических штаммов бифидобактерий и лактобактерий, с которыми работают сотрудники лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований во главе с доктором медицинских наук, профессором РАН Н.Б. Перуновой. Эта информация позволит коллегам предсказывать, какие свойства будут проявлять эти микроорганизмы в тех или иных условиях: насколько они устойчивы к антибиотикам, способны адаптироваться к неблагоприятным факторам среды, каков их метаболический потенциал. 
Сотрудники группы А.О. Плотникова проанализировали также геномы ряда патогенных микроорганизмов, в частности возбудителей дизентерии, выделенных при вспышке этой инфекции в Оренбурге в прошлом году.  Оказалось, что геномы штаммов, полученных от разных больных, идентичны. Это означает, что существовал только один источник инфекции, который и нашли сотрудники Роспотребнадзора. Таким образом, данные геномики подтвердили правильность тактики эпидемиологов.
Большую работу по анализу микробных сообществ в теле человека ученые ИКВС под руководством директора института члена-корреспондента С.В. Черкасова ведут с коллегами из Оренбургского медицинского университета. Например, совместно с сотрудниками кафедры детских болезней, которой руководит доктор медицинских наук, профессор Л.Ю. Попова, они изучили микробный состав зубного налета у детей с бронхиальной астмой, и обнаружили там большое количество условно-патогенных штаммов: численность некоторых видов оказалась  гораздо выше, чем у здоровых детей. Этот фактор теперь будет учитываться в клинической практике.
Один из новых проектов связан с изучением бактериальных сообществ в экссудате поджелудочной железы (жидкости, выделяющейся в ткани или полости организма при воспалении), взятом при оперативном лечении больных, страдающих острым панкреатитом. Оренбургские микробиологи выполняют эти исследования совместно с сотрудниками кафедры факультетской хирургии ОМУ во главе с доктором медицинских наук, профессором  Д.Б. Деминым. В хирургии острый панкреатит до последнего времени считался асептическим процессом, т.е. таким, в котором бактерии участия не принимают. Однако ученым удалось показать, что у подавляющего большинства больных экссудат содержит ДНК нескольких видов микроорганизмов. Это абсолютно новые данные, полученные специалистами ИКВС благодаря секвенатору.
Руководитель институтского ЦКП Андрей Плотников рассказал еще об одном новом проекте:
— При поддержке совместного с коллегами из Санкт-Петербургского университета гранта РНФ мы начали изучать бактерии, которые сохраняются внутри клеток инфузорий — простейших, живущих в водоемах. Первые результаты свидетельствуют, что некоторые из этих бактерий — симбионтов инфузорий являются патогенными для человека. Появилось даже такое понятие, как резервуарный потенциал инфузорий, который поддерживает циркуляцию в природе патогенных и условно патогенных микроорганизмов. Мы планируем получить данные, которые позволят сравнить разные виды инфузорий и выявить наиболее опасные с точки зрения персистенции патогенов.
Вообще проведение совместных исследований с коллегами из других научных учреждений, не только академических, но также вузовских и отраслевых, часто дает синергидный эффект. У нас есть договоры с Оренбургским филиалом МНТК «Микрохирургия глаза» им. академика С.Н. Федорова, Оренбургским государственным университетом, Научным центром проблем здоровья семьи и репродукции человека (г. Иркутск). А недавно нам прислали образцы хемолитотрофных бактерий (микроорганизмов, получающих энергию за счет окисления неорганических соединений) с Камчатки из Научно-исследовательского геотехнологического центра Дальневосточного отделения РАН. Так что география наших научных партнеров постоянно расширяется.
Подготовила
Е. ПОНИЗОВКИНА
Фото на с. 3: верхний снимок — измерение рН
в процессе отбора проб на солоноватых эфемерных водоемах в урочище Тузлукколь (Оренбургская область);
в центре — солнечник;
внизу —сотрудники ЦКП ИКВС «Персистенция микроорганизмов», слева направо: зав. ЦКП, кандидат медицинских наук А.О. Плотников, аспирант А.С. Балкин, ведущий научный сотрудник, кандидат медицинских наук Е.А. Селиванова, научный сотрудник, кандидат биологических наук Д.В. Пошвина;
на этой странице — посев бактерий из оз. Эльтон
и рек Приэльтонья на питательные среды в полевых условиях
 
Оригинал новости: http://www.uran.ru/node/5110

Разработки лабораторий ИКВС УрО РАН второй раз представлены на региональной выставке

ИКВС УрО РАН вновь принял участие в прошедшей 15-17 ноября 2017 г. второй выставке «Медицина, красота и здоровье».

На выставке широкой аудитории потребителей и посетившим выставку специалистам наглядно демонстрировались проекты и продукты разработок Института:

Коллективом лаборатории по изучению механизмов и регуляции персистенции бактерий представлен проект «Дифференциация  микроорганизмов по факторам персистенции»; программы для ЭВМ «Дифференциация Candida albicans по факторам персистенции» и «Дифференциация бактерий рода Enterococcus по способности инактивировать факторы специфического иммунитета»; а также штаммы бактерий Enterococcus faecium, обладающий способностью снижать образование биопленок грибами рода Candida и Staphylococcus aureus, используемый в качестве тест-культуры для отбора антибактериальных средств.

Лабораторией клеточного симбиоза представлена Экспертно-аналитическая программа прогнозирования риска развития инфекционно-воспалительных осложнений у женщин с миомой матки после оперативных вмешательств – «Prognosis v.3.00».

 Лабораторией водной микробиологии представлен штамм одноклеточных водорослей Dunaliella salina IPPAS D 295 — продуцент биологически активных веществ, обладающих антиоксидантной активностью.

От лаборатории  по изучению механизмов формирования микробиоценозов человека представлен проект «Способ усиления адгезии бактерий к вагинальным эпителиоцитам».

И аспиранты лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований представили три проекта: «Экспресс-система множественного ПЦР-мониторинга патогенных микроорганизмов» с образцом диагностического ДНК-микрочипа; «Питательная среда для рекультивации анаэробных микроорганизмов после низкотемпературного хранения» с образцом среды; и «Применение штамма бактерий Bacillus cereus  №279  в качестве продуцента ингибитора цитокина ФНО-α» с лиофилизированной культурой штамма.

Все представленные проекты имеют соответствующие свидетельства либо поданные заявки о регистрации интеллектуальной собственности.

По итогу мероприятия представителям Института был вручен Диплом за активное участие в Выставке:

Дополнительная информация о прошедшем мероприятии доступна по ссылке:

http://1743.ru/news/11123

На Уральском научном форуме академик О.В. Бухарин в докладе «Инфекционная симбиология — ответы на вызов времени» рассказал об истории открытия ассоциативного симбиоза и о роли математических методов обработки данных в интерпретации видового состава бактериальных микробиоценозов человека

18 октября работа форума проходила в десяти институтах Екатеринбурга в формате тематических секций. Специалисты в области математики, механики и информатики обсудили результаты  фундаментальных и прикладных исследований, ведущихся в четырех институтах УрО РАН математического профиля: в Институте математики и механики, Институте механики сплошных сред, Институте машиноведения, Институте механики. Широкий спектр направлений был представлен на секции физико-технических наук — физика магнитных явлений, физическое материаловедение, мощная импульсная техника, теплофизика. На секции, посвященной актуальным проблемам химии, рассматривались новые методологии органического синтеза, химическая переработка растительного сырья, создание новых композитных материалов, наукоемкие технологии переработки техногенных отходов, разработка электрохимических устройств для распределенной энергетики и др.
Восстановление и рациональное использование биологических ресурсов российской Арктики стали одной из центральных тем на секции биологических наук. Многообразной была тематика медицинской секции, где рассматривались как фундаментальные проблемы иммунологии, физиологии, микробиологии, так и узкоспециальные вопросы. Специалисты в области геофизики, геохимии и горного дела обсудили перспективы развития наук о Земле, вопросы комплексного использования недр и переработки минерального сырья, а также возможность исторической реконструкции климата Земли по данным скважинной геофизики. Отдельная секция была посвящена экологическим проблемам городских территорий. Ученые-аграрии отметили современные тенденции развития сельскохозяйственной науки и представили конкретные аграрные технологии.
Разноплановые доклады экономической секции объединяла ориентация на решение  проблем, способствующих реиндустриализации и повышению эффективности российской экономики на современном этапе мирового развития. Гуманитарный блок был представлен секцией «Исторические и современные вызовы для Урала и России», где были подняты такие глобальные проблемы, как взаимодействие российской и европейской систем права, социальная структура современных обществ, сохранение языков малых народов, региональная автономия как способ поддержания баланса в межнациональных отношениях и др.
Центральной и во многом объединительной стала сессия, посвященная междисциплинарным исследованиям в институтах УрО РАН, которую мы представляем более подробно. Открыл ее академик В.П. Матвеенко (на фото слева), отметивший, что важность междисциплинарных проектов понимают все, однако реальных шагов в этом направлении делается недостаточно, и сегодняшняя встреча — один из них.
Член-корреспондент Б.Г. Юшков (Институт иммунологии и физиологии УрО РАН) представил совместный с академиком В.А. Черешневым доклад «Междисциплинарные подходы в решении медицинских проблем». Выделив основные направления взаимодействия медицины с математикой, физикой, химией, общей биологией, докладчик отдельно остановился на актуальном вопросе использования наночастиц как контейнеров для целенаправленной транспортировки лекарственных препаратов. При всех достоинствах такой технологии остается проблема: организм воспринимает наночастицы как чужеродные объекты, подлежащие фагоцитозу, т.е. поглощению, в результате чего происходит их концентрация в печени, где они могут нанести существенный вред. Специалистам в разных областях предстоит решить эту проблему совместными усилиями.
Доктор физико-матема-тических наук О.Б. Наймарк (на левом верхнем снимке, Институт механики сплошных сред УрО РАН, Пермь) в совместном докладе с кандидатом химических наук В.В. Гришко (Институт технической химии УрО РАН, Пермь) рассказал о механобиологии клеточных структур и некоторых приложениях в онкологии, в частности в термографической диагностике рака молочной железы. Работы выполнены в широкой международной кооперации, получен патент на метод диагностики.
В докладе доктора физико-математических наук О.А. Плехова (Институт механики сплошных сред УрО РАН, Пермь) и доктора технических наук Л.Ю. Левина (Горный институт УрО РАН, Пермь) речь шла о системе оперативного контроля ледопородного ограждения при пробивке ствола шахты. В ходе выполнения хоздоговорной работы с «Белоруськалием» ученым удалось не только построить оригинальную модель замораживания массива, учитывающую множество факторов, но и создать инструментальные системы автоматического сбора данных на оптоволоконной основе.
Самое красивое название — «О чем танцуют деревья?» — было у доклада доктора биологических наук С.А. Шавнина (Ботанический сад УрО РАН). Исследуя феномен «танцующего» или «пьяного» леса, уральские ботаники пришли к неожиданному выводу: деревья действительно вращаются, в среднем на 1,5 градуса за сезон роста, правда, большая часть их на следующий год меняет направление вращения. Хотя этот вывод и поражает воображение, он лишь часть разработанной шкалы для оценки здоровья леса, включающей степень дефолиации, развитие многоствольности и т.д. При этом как раз искривление стволов оказалось не самым значимым фактором визуальной оценки состояния лесного массива.
Кандидат социологических наук Н.Г. Попова (на нижнем правом снимке, Институт философии и права УрО РАН) выступила с сообщением «Национальная специфика российских научных журналов в контексте их продвижения в международных базах данных». Как локальный эксперт Scopus она отметила, что за последние годы российские научные журналы «прибавили» в индексированных мировых базах почти 20%. Процесс перехода на новые стандарты занимает в среднем 2-3 года, и, как ни странно, «старые» журналы здесь опережают «молодые». Докладчица убеждена, что необходима осознанная государственная политика поддержки научных журналов и русский язык нужно сохранить как язык научного общения.
Доклад доктора исторических наук Л.Н. Коряковой (на снимке справа вверху, Институт истории и археологии УрО РАН) был посвящен сотрудничеству уральских археологов с геофизиками и палеоботаниками при раскопках городов Синташской культуры, благодаря которому на семи поселениях удалось точно определить расположение стен, фундаментов жилых домов и колодцев, а также получить связный материал для дендрохронологии степной зоны Зауралья. Коллектив сотрудников разных институтов сложился именно в те годы, когда в Отделении была принята комплексная программа междисциплинарных научных исследований. Докладчица предложила возобновить подобную практику, обобщив удачный опыт уральских ученых.
Кандидат технических наук А.В. Созыкин (Институт математики и механики УрО РАН) остановился на проблемах глубокого обучения нейронных сетей и рассказал о современном состоянии суперкомпьютера «Уран». Сегодня он находится на 16-м месте в стране и на втором — в системе ФАНО, уступая только Москве. Благодаря прошлогодней закупке вычислительных кластеров пиковая производительность достигла 260 ТФлопс, однако в этом году модернизации не было, хотя средняя загруженность «Урана» достигает 90%.
Доктор ветеринарных наук И.А. Шкуратова (Уральский научно-исследовательский ветеринарный институт) высоко оценила совместную работу с Институтом органического синтеза по импортозамещению ветеринарных препаратов, не содержащих антибиотики, совместно с ИОС уже получено два патента. Вместе с тем она считает, что области необходима межведомственная научная программа по агробезопасности.
В докладе доктора технических наук Б.В. Дементьева (Институт механики УрО РАН, Ижевск) на примере создания процесса винтового обжатия шла речь о современных приложениях теории, созданной академиком В.Д. Садовским. В настоящее время эта технология передана заводу «Ижнефтемаш» для производства штанг глубинных насосов.
Академик О.В. Бухарин (Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург) в докладе «Инфекционная симбиология — ответы на вызов времени» рассказал об истории открытия ассоциативного симбиоза и о роли математических методов обработки данных в интерпретации видового состава бактериальных микробиоценозов человека.
Доктор биологических наук В.В. Володин (Институт биологии УрО РАН, Сыктывкар) выделил ряд междисциплинарных биотехнологических направлений, получивших развитие в Коми научном центре УрО РАН: это промышленная биотехнология, ресурсная биотехнология, медицинская, сельскохозяйственная и экологическая биотехнологии. На основе уже существующих разработок и коллективов он предложил создать единую научно-координационную программу.
 
Оригинал статьи: http://uran.ru/node/5102

Сотрудники ИКВС УрО РАН на Радио России Оренбург

Заведующий лабораторией водной микробиологии ИКВС УрО РАН ,  д.м.н. ,  профессор  Немцева Наталия Вячеславовна и   ученый секретарь ИКВС УрО РАН,  к.м.н., доцент  Селиванова Елена Александровна приняли участие в программе  «Экологический навигатор» от 22 октября 2017 ( Радио России Оренбург). 

Запись эфира доступна по ссылке.

Три разработки ИКВС УрО РАН получили награды на выставке Биоиндустрия-2017

Три разработки Института клеточного и внутриклеточного симбиоза, выполняемые в лаборатории биомониторинга и молекулярно-генетических исследований при поддержке Фонда содействия инновациям (программа «УМНИК») и представленные на международную выставку-конкурс Биоиндустрия-2017 (http://bio.expoforum.ru/), прошедшую 11-13 октября, получили две золотые и одну серебряную медаль.
Разработки находятся на этапе прототипов и подготавливаются к массовому тестированию.

На заседании президиума УрО РАН (21 сентября 2017 г.) первым в повестке был научный доклад директора ИКВС УрО РАН члена-корреспондента С.В. Черкасова «Колонизационная резистентность организма как функция ассоциативного симбиоза»

Открывая заседание президиума УрО РАН 21 сентября, председатель Отделения академик В.Н. Чарушин напомнил, что это заседание — последнее в нынешнем составе, после предстоящих выборов произойдут перемены, и тепло поблагодарил коллег за работу. Первым в повестке был научный доклад директора Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН (г. Оренбург) члена-корреспондента С.В. Черкасова (на снимке слева) «Колонизационная резистентность организма как функция ассоциативного симбиоза». Высокий уровень оренбургской научной школы, основанной академиком О.В. Бухариным, хорошо известен, и наша газета неоднократно писала о ее достижениях. В докладе Сергей Викторович сосредоточился на ассоциативном симбиозе репродуктивного тракта женщин, включающего как факторы иммунитета хозяина, взаимодействующие с микроорганизмами, так доминантные лактобациллы и ассоциативные с ними микроорганизмы, имеющие существенное значение в норме и при инфекционной патологии. Оренбургские ученые показали, что нарушение биоценоза бактерий значительно влияет на течение заболеваний и на частоту рецедивов и длительность ремиссии при хронической форме. Более того, выявлено влияние бактериального биоценоза и на функции организма: по его состоянию можно с высокой долей вероятности предсказывать успех наступления беременности при экстракорпоральном оплодотворении.

Перед собравшимися выступил кандидат на должность президента РАН академик Р.И. Нигматулин (на фото слева), рассказавший о своем видении будущего Академии, роли науки в нашем обществе и задачах, которые предстоит решить сообществу.
Заместитель министра промышленности и науки Свердловской области И.Ф. Зеленкин совместно с врио директора ИЭ УрО РАН доктором экономических наук Ю.Г. Лавриковой представили проект «Стратегия промышленного и инновационного развития Свердловской области до 2035 года». Эта концепция подготовлена при активном участии Института экономики и учитывает результаты широкого обсуждения. Докладчики обратились к членам президиума как к экспертам, пообещав вынести уточненный вариант Стратегии на одно из последующих заседаний.
В числе других президиум рассмотрел вопрос о подготовке к Уральскому научному форуму, посвященному 30-летию Уральского отделения РАН и 85-летию академической науки Урала (17–20 октября, Екатеринбург). Вниманию собравшихся была представлена предварительная программа, уточнявшаяся в ходе обсуждения.
Оригинал статьи: http://uran.ru/node/5084

Третья всероссийская молодёжная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах»

В г. Оренбурге 2-6 октября 2017 года состоялась Третья всероссийская молодёжная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах», организаторами которой выступили Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН и Оренбургский научный центр УрО РАН, при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований и ФАНО России. В работе конференции приняли участие 137 человек из 10 городов России, а также Италии и Франции.  Заслушано и обсуждено 27 устных докладов молодых ученых. В рамках конференции были прочитаны 6 лекций ведущими учеными, специалистами в области микробиологии, симбиологии, биохимии и молекулярнрй биологии из Москвы, Казани, Иркутска, Санкт-Петербурга и Оренбурга. В ходе конференции рассмотрен широкий круг общих и частных вопросов микробиологии, относящихся к проблеме микробных симбиозов, в рамках нижеследующих основных тематических разделов:

  1. Генетические и метаболические механизмы взаимодействий микроорганизмов с симбионтами.
  2. Взаимоотношения микроорганизмов с симбионтами в природных и искусственных экосистемах.
  3. Медицинские и агробиотехнологические аспекты микробных симбиозов.

Центральное место в повестке конференции заняло обсуждение фундаментальных вопросов по изучению структуры,  механизмов взаимодействия и их генетической регуляции в микробных симбиозах, оценке свойств микроорганизмов – симбионтов, созданию искусственных симбиотических систем, а также разработке новых подходов к изучению симбиозов.  Были затронуты вопросы практического использования микроводорослей, поиска новых продуцентов антибиотиков и пробиотических штаммов. Рассмотрены различные системы, где в качестве макроорганизма, участвующего в симбиотических взаимодействиях с бактериями, рассматривается человек, приматы, птицы, личинки жуков, почвенные нематоды, дикие и сельскохозяйственные растения, гетеротрофные простейшие, микроводоросли. Разнообразие симбиотических систем позволило обсудить общие закономерности формирования микробных симбиозов в природе, а также специфику, связанную с разной таксономической принадлежностью симбионтов и их хозяев.

Участники конференции активно обсуждали пленарные и секционные доклады, которые продемонстрировали разнообразие и новые примеры симбиотических систем, а также рассмотрели актуальную проблему по поиску среди множества участников симбиотической системы ключевых, обуславливающих сохранение здоровья или развитие заболевания. В рамках круглого стола как прогрессивные изменения по сравнению с предыдущей конференцией, отмечены современный уровень методических подходов, использование методов молекулярной генетики. В то же время подчеркнута роль грамотного планирования эксперимента с применением NGS. В частности, для получения достоверных результатов исследования необходимо наличие четко сформулированной задачи, в соответствии с которой должна быть подготовлена модель сбора материала и разработан дизайн эксперимента, использованы  несколько контролей (как отрицательных, так и положительных).  Были высказаны пожелания к молодым ученым осваивать основы молекулярно-генетических методов и биоинформатического анализа данных,  тщательно изучать характеристики объекта исследования и при использовании современных методик не забывать общие правила экспериментальной работы. Выступающие единодушно отметили, что симбиотические  системы надо изучать с использованием комплексного подхода с привлечением различных методов, начиная с микроскопии и заканчивая функциональной геномикой, с привлечением специалистов разного профиля, не забывая о пространственной и временной гетерогенности микробной популяции. Раскрытие закономерностей функционирования на уровне симбиотической системы с применением комплекса современных методов на сегодняшний день является актуальной и пока не решенной задачей.

После научно-презентационной части конференции для молодых ученых проведена школа «Метагеномное секвенирование микробных ассоциаций и методы биоинформатического анализа данных», включающая мастер-классы и тренинги. Материалы конференции были опубликованы в виде тезисов в сборнике. В расширенном виде материалы докладов молодых ученых будут опубликованы в Вестнике Оренбургского государственного университета, входящем в список ВАК.

В ходе обсуждения итогов конференции организаторам конференции даны рекомендации, направленные на улучшение формата и качества проведения мероприятия, в частности: создать отдельную секцию по пластичности и гетерогенности популяций симбионтов; на этапе сбора заявок формировать тематику секций с учетом пожеланий модераторов; широко освещать конференцию на этапе подготовки и привлекать большее число участников. В целом, лекторы и молодые участники оценили проведенное научное мероприятие как успешное и рекомендовали провести следующую, IV школу-конференцию «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах» в Оренбурге в 2020 г.

Академику О.В. Бухарину — 80 лет

Олег Валерьевич Бухарин – известный ученый в области медицинской микробиологии, организатор академической микробиологической науки, создатель, первый директор Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН на Урале. Он автор 520 научных публикаций, 25 монографий, имеет более 100 авторских свидетельств и патентов. В школе, разрабатывающей инфектологическую тематику, О.В. Бухариным, подготовлено 34 доктора и 120 кандидатов наук.

Им разработаны теоретические основы микробной персистенции (выживания), расшифрованы механизмы этого явления и определена ключевая функция пептидогликана в бактериальной персистенции. Под руководством О.В. Бухарина совместно с сотрудниками были открыты  новые, ранее неизвестные факторы персистенции бактерий, сформулирован принцип экологической детерминированности персистентных характеристик микробов, введено понятие «персистентный потенциал» микроорганизмов, что позволило улучшить качество решения диагностических, лечебных и прогностических задач в клинической медицине.

Было определено, что персистентный потенциал микробов – «биомишень» для изучения регуляции их биокоммуникативных взаимодействий, что позволило разработать и внедрить микроэкологический мониторинг для оценки техногенного влияния природного газа на нефтегазоконденсатных месторождениях (Астраханское, Оренбургское, Карачаганакское) по уровню резидентного стафилоносительства населения, проживающего на различной удаленности от источника загрязнения. Были даны соответствующие рекомендации.

Использование симбиотического подхода при изучении инфектологических механизмов способствовало созданию нового направления «Инфекционная симбиология», где инфекция описана в качестве модели системы ассоциативного симбиоза с ее трехвекторной структурой. Под руководством О.В. Бухарина был разработан метод межмикробного распознавания «свой-чужой», что позволило пересмотреть роль бифидофлоры в организме человека. Бифидобактерии – ключевое звено в защите организма при инфекции, за счет способности бифидофлоры к дискриминации чужеродного материала (патогенных бактерий) с последующим инициальным «сигналингом» в регуляции иммунного гомеостаза кишечника.

В настоящее время разработанный метод отбора эффективных и безопасных штаммов для создания новых композиций  — синбиотиков, позволил создать 2 эффективных по своему действию биопрепарата, успешно конкурирующих с коммерческими образцами, разрабатывается система контроля за качеством коммерческой продукции пробиотиков.

О.В. Бухарин  — председатель Оренбургского научного центра, главный научный сотрудник Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, работал ректором Оренбургского медицинского института (ныне – Университет), избирался депутатом Верховного Совета РСФСР (9 созыва), член Президиума УрО РАН,  Всероссийского Общества эпидемиологов, микробиологов, паразитологов им. И.И. Мечникова, член редколлегии ЖМЭИ и 5 профильных журналов.

О.В. Бухарин  — заслуженный деятель науки РСФСР, дважды лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники, премий им. И.И. Мечникова (РАН), им. В.В. Парина, им. С.С. Шварца и медали В.В. Парина (УрО РАН). Лауреат ряда губернаторских премий по науке и технике. Награжден орденами  «За заслуги перед Отечеством» IV степени,  «Почета», Орденом М.В. Ломоносова, орденом «Почетный гражданин России». Имеет медали России и Болгарии.

80 лет академику Бухарину О. В.

Уважаемые коллеги!

16 сентября 2017 г. исполняется 80 лет со дня рождения и 53 года научно-педагогической деятельности доктора медицинских наук, профессора, заслуженного деятеля науки РСФСР, академика РАН, председателя Оренбургского научного центра УрО РАН, главного научного сотрудника Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН Олега Валерьевича Бухарина.

От официального чествования юбиляр отказался. Поздравить Бухарина О.В. лично можно 18 сентября 2017 г. с 10 до 12 ч. в Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН по адресу:

Оренбург – 460000, ул. Пионерская, 11, либо по электронной почте:Emailonckadri@mail.ru .

Формируется 1 выпуск электронного журнала «Бюллетень ОНЦ УрО РАН» за 2017 год

Принимаются статьи на публикацию в электронном журнале «Бюллетень Оренбургского научного центра УрО РАН». В стадии формирования 1 выпуск за 2017 г. Статьи для публикации принимаются на электронный адрес vag59@mail.ru. Сайт журнала «Бюллетень Оренбургского научного центра УрО РАН» — http://elmag.uran.ru/