ИКВС УрО РАН является базовым научно-исследовательским институтом для кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии Оренбургского государственного медицинского университета.
С 1999 года на базе Института проводится повышение квалификации врачей-бактериологов лечебно-профилактических учреждений и центров госсанэпиднадзора на циклах специализации и тематического усовершенствования в сотрудничестве с Оренбургским государственным медицинским университетом. Ежегодно проводятся 4 цикла тематического усовершенствования («Избранные вопросы общей, частной и санитарной бактериологии», «Бактериология», «Микробиологическая диагностика острых кишечных заболеваний», «Лабораторное дело в бактериологии»), на которых обучаются 30-40 врачей-бактериологов и 20-25 лаборантов-бактериологов.
Сотрудники Института также занимаются преподавательской деятельностью по дисциплинам «микробиология» и «биология» на кафедрах:
- Оренбургского государственного медицинского университета,
- Оренбургского государственного аграрного университета,
- Оренбургского государственного университета,
- Оренбургского государственного педагогического университета.
Студенты выполняют курсовые и дипломные работы на базе Института под руководством научных сотрудников.
Сотрудниками Института совместно с преподавателями Оренбургской государственной медицинской академии подготовлен ряд учебных пособий федерального уровня для студентов и слушателей факультетов повышения квалификации специалистов.