Балкин Александр Сергеевич

Сведения об образовании и защищенных диссертациях

2010-2015 — ФГБОУ Оренбургский государственный университет, г. Оренбург

Сведения о трудовой деятельности

3 августа 2015 – 28 декабря 2018: научный сотрудник ЦКП ИКВС УрО РАН

29 декабря 2018 – настоящее время: научный сотрудник лаборатории биомедицинских технологий ИКВС УрО РАН

1 апреля 2026 — настоящее время: старший научный сотрудник лаборатории биомедицинских технологий ИКВС УрО РАН

Область экспертизы

Молекулярная микробиология, взаимодействие бактерий и протистов, метабаркодинг, транскриптомика, биоинформатика

Проекты, гранты

Грант РНФ № 20-14-18018. «Деструкция фитогормона абсцизовой кислоты ризосферными бактериями: биохимический путь, молекулярный механизм и биопротекторное значение» — продление. 2020-2021 гг. Исполнитель.

Грант РНФ № 19-14-00088. «Метагеномный анализ изменений в микробном сообществе байкальских губок в период их массовой гибели». 2019-2021 гг. Исполнитель.

«Мегагрант» 2019-220-07-2828. «Инфекционные заболевания культурных растений: комплексное исследование и стратегии контроля на примере снежной плесени». 2019-2021 гг. Исполнитель.

Грант РНФ № 22-14-00317. « Картирование сайтов инициации транскрипции и метатранскриптомное профилирование бактерий в патосистемах». 2022-2024 гг. Исполнитель.

Грант РНФ № 24-74-10031 «Центрохелидные солнечники: симбиозы и симбионты». 2024-2027 гг. Исполнитель

Публикации

2025

Feizi, H., Kafil, H.S., Plotnikov, A. et al. Polyp and tumor microenvironment reprogramming in colorectal cancer: insights from mucosal bacteriome and metabolite crosstalk. Ann Clin Microbiol Antimicrob 24, 9 (2025). https://doi.org/10.1186/s12941-025-00777-9

Sakhabutdinov, I.T., Chastukhina, I.B., Ryazanov, E.A. et al. Variability of microbiomes in winter rye, wheat, and triticale affected by snow mold: predicting promising microorganisms for the disease control. Environmental Microbiome 20, 3 (2025). https://doi.org/10.1186/s40793-025-00665-x

Balkin A, Plotnikov A, Konnova T, Shagimardanova E, Hamo H, Gogolev Y, Gogoleva N.2025.Cappable-seq RNA-sequencing data sets of Escherichia coli K-12 MG1655 treated with novobiocin, tetracycline, and rifampicin. Microbiol Resour Announc14:e01194-24.https://doi.org/10.1128/mra.01194-24

Balkin, A.S., Cherkasov, S.V., Gogolev, Y.V. et al. The Phase-Specific Dynamics in Gene Expression of Salmonella Typhimurium During Acanthamoeba castellanii Infection. Curr Microbiol 82, 270 (2025). https://doi.org/10.1007/s00284-025-04256-4

Balkin A, Plotnikov A, Konnova T, Gogoleva N, Shagimardanova E, Gogolev Y.2025.Cappable-seq RNA-sequencing data sets for comparative studying of Salmonella enterica adaptation to Acanthamoeba castellanii intracellular environment, oxidative stress, and starvation. Microbiol Resour Announc14:e01129-24.https://doi.org/10.1128/mra.01129-24

Balkin A, Plotnikov A, Konnova T, Shagimardanova E, Hamo H, Gogolev Y, Gogoleva N.2025.Transcriptome sequencing data sets of Escherichia coli K-12 MG1655 treated with novobiocin, tetracycline, and rifampicin. Microbiol Resour Announc14:e01169-24.https://doi.org/10.1128/mra.01169-24\

Darya V. Poshvina, Alexander S. Balkin, Diana S. Dilbaryan, Alexey S. Vasilchenko, Unravelling the response of the soil microbiome to macrolactin A: A metagenomic study // Chemosphere. V. 387, 2025, 144645, https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2025.144645

Balkin A, Plotnikov A, Konnova T, Shagimardanova E, Gogolev Y, Gogoleva N.2025.Transcriptomic data sets for Salmonella enterica serovar Typhimurium 14028S that survived ingestion by Acanthamoeba castellanii, hydrogen peroxide treatment, or starvation. Microbiol Resour Announc14:e01093-24.https://doi.org/10.1128/mra.01093-24

Vasilchenko, A.S., Poshvina, D.V., Stepanov, A.A. et al. Agropedogenesis alters microbial communities and antibiotic resistomes in tundra soils: A comparison of modern and ancient cryogenic ecosystems in West Siberia. Soil Ecol. Lett. 7, 250358 (2025). https://doi.org/10.1007/s42832-025-0358-3

2024

Selivanova, E.A., Balkin, A.S., Khlopko, Y.A. et al. The Genome of a New Halorubrum distributum Strain ICIS4 Isolated from the Culture of a Microalga Dunaliella salina. Microbiology 93, 482–486 (2024). https://doi.org/10.1134/S0026261723604426

Kryuchkova, Y.V., Neshko, A.A., Gogoleva, N.E. et al. Genomics and taxonomy of the glyphosate-degrading, copper-tolerant rhizospheric bacterium Achromobacter insolitus LCu2. Antonie van Leeuwenhoek 117, 105 (2024). https://doi.org/10.1007/s10482-024-01989-3

Gogoleva, N.E.; Nasyrova, M.A.; Balkin, A.S.; Chervyatsova, O.Y.; Kuzmina, L.Y.; Shagimardanova, E.I.; Gogolev, Y.V.; Plotnikov, A.O. Flourishing in Darkness: Protist Communities of Water Sites in Shulgan-Tash Cave (Southern Urals, Russia). Diversity 2024, 16, 526. https://doi.org/10.3390/d16090526

Selivanova, E.A.; Yakimov, M.M.; Kataev, V.Y.; Khlopko, Y.A.; Balkin, A.S.; Plotnikov, A.O. The Cultivation of Halophilic Microalgae Shapes the Structure of Their Prokaryotic Assemblages. Microorganisms 2024, 12, 1947. https://doi.org/10.3390/microorganisms12101947

Gerasimova, E.A., Balkin, A.S., Kataev, V. Y., Filonchikova E.S., Mindolina, Y.V., Tikhonenkov, D.V. Taxonomic and functional diversity of protists in saline and hypersaline lakes in southern Western Siberia, a region strongly affected by climate change. Water Biology and Security 2024. 100316. https://doi.org/10.1016/j.watbs.2024.100316

2023

Malygina A, Balkin A, Polyakova E, Stefanov S, Potekhin A, и др. / Taxonomic Diversity of the Microbial Biofilms Collected along the Thermal Streams on Kunashir Island // Ecologies. 2023; 4(1):106-123. https://doi.org/10.3390/ecologies4010009

Gerasimova E.A., Mindolina Y.V., Tikhonenkov D.V., и др. / Unexpected ubiquity of heart-shaped scale morphotype in Centroplasthelida (Haptista): Ancestral trait or multiple acquisitions? // J Eukaryot Microbiol. 2023. e12992.

Gerasimova E.A., Balkin A.S., Filonchikova E.S., Mindolina Y.V., и др. / Taxonomic Structure of Planktonic Protist Communities in Saline and Hypersaline Continental Waters Revealed by Metabarcoding // 2023. V. 15. 2008. https://doi.org/10.3390/w15112008

Gogoleva, N., Chervyatsova, O., Balkin, A. et al. / Microbial tapestry of the Shulgan-Tash cave (Southern Ural, Russia): influences of environmental factors on the taxonomic composition of the cave biofilms // Environmental Microbiome 18, 82 (2023). https://doi.org/10.1186/s40793-023-00538-1 WoS (1 квартиль): Journal Impact Factor (WOS): 7.8

2022

Kovaleva, O.V., Podlesnaya, P.A., Vasileva, M.V., Kopnin, P.B., Balkin,  A.S., и др. / Transcriptome of Lung Cancer Cells Resistant to the Cytotoxic Activity of Macrophages // Doklady. Biochemistry and biophysics, 2022, 507(1), 312–317. https://doi.org/10.1134/S160767292205009X

2021

Balkin AS, Plotnikov AO, Gogoleva NE, Gogolev YV, Demchenko KN / Cappable-Seq Reveals Specific Patterns of Metabolism and Virulence for Salmonella Typhimurium Intracellular Survival within Acanthamoeba castellanii // Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 9077. https://doi.org/10.3390/ijms22169077

2020

Gogoleva N.E., Konnova T.A., Ismailov T.T., Balkin A.S., Belimov A.A., Gogolev Y.V. Dataset for transcriptome analysis of abscisic acid degrading bacterium Novosphingobium sp. P6W // Data in Brief. 2020. V. 28. P. e105001. https://doi.org/10.1016/j.dib.2019.105001 // Q0

Gogoleva N.E., Konnova T.A., Balkin A.S., Plotnikov A.O., Gogolev Y.V. Transcriptomic data of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S treated with novobiocin // Data in Brief. 2020. V. 29. P. e105297. https://doi.org/10.1016/J.DIB.2020.105297 // Q0

Gogoleva N.E., Kataev V.Ya., Balkin A.S., Plotnikov A.O., Shagimardanova E.I., Subbot A.M., Cherkasov S.V. Dataset for transcriptome analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium strain 14028S response to starvation // Data in Brief. 2020. V. 31. P. e106008. https://doi.org/10.1016/J.DIB.2020.106008 // Q0

Gorshkov V., Osipova E., Ponomareva M., Ponomarev S., Gogoleva N., Petrova O., Gogoleva O., Meshcherov A., Balkin A., Vetchinkina E., Potapov K., Gogolev Y., Korzun V. Rye Snow Mold-Associated Microdochium nivale Strains Inhabiting a Common Area: Variability in Genetics, Morphotype, Extracellular Enzymatic Activities, and Virulence // J. Fungi. 2020. V. 6. 335. https://doi.org/10.3390/jof6040335 // JCR IF = 5.586/Q1

Участие в конференциях с докладами

2020

39 конференция немецкого протистологического общества. Кайзерслаутерн, Германия, 2020. Стендовый доклад. Докладчик.

2019

VIII Европейский конгресс по протистологии. Рим, Италия, 2019. Стендовый доклад. докладчик.

2017

17 международная конференция “XVII International Meeting on the Biology and Pathogenicity of Free-living Amoebae”. Джерба-Зарзис, Тунис, 2017. Стендовый доклад. Докладчик.

3 всероссийская молодежная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах». Оренбург, 2017. Секционный доклад. Докладчик.

2016

II Всероссийская научно-практическая конференция с элементами научной школы для молодых ученых и специалистов «Эндогенные бактериальные инфекции: микробиологические и иммунологические аспекты». Оренбург, 2016. Стендовый доклад. Докладчик.

Научные награды, премии

2019 г. – премия Хольца-Коннера

Членство в российских и международных научных обществах

• — Международное общество протистологов с 2019 г.
• — МОО «Микробиологическое общество», являющееся коллективным членом Федерации Европейских Микробиологических Обществ (FEMS) с 2020 г.