Главная / Институт / Лаборатории / Центр коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов»

Центр коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов»

Центр коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов» организован 30 июня 2014 г. в Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН. В настоящее время в ЦКП работает 10 сотрудников, в том числе 2 доктора наук, 6 кандидатов наук, два лаборанта.

Цель деятельности ЦКП

Повышение доступности исследовательской инфраструктуры и эффективности ее использования для выполнения исследовательских программ и проектов по приоритетным направлениям НТР (проведения ориентированных фундаментальных и прикладных научных исследований), а также разработки важнейших наукоемких технологий.

Задачи ЦКП

Предоставление услуг организациям, выполняющим научные исследования и разработки.
Участие в исследованиях этих организаций, выполняемых по приоритетным направлениям НТР.
Формирование коллекции микроорганизмов и их консорциумов с использованием уникальной научной установки (УНУ) «Сетевая коллекция симбионтных микроорганизмов и их консорциумов ИКВС УрО РАН».
Повышение квалификации специалистов и подготовка кадров в области микробиологии и молекулярной биологии (курсы повышения квалификации, стажировка, семинары, тренинги).
Обеспечение единства и достоверности измерений при проведении научных исследований, включающее калибровку и поверку оборудования, разработку и применение аттестованных методик.
Содержание и развитие материально-технической базы ЦКП путем оснащения современным научным оборудованием.

Основные методики, реализуемые в ЦКП

Выделение ДНК и РНК из биологических объектов (растения, животные, грибы, бактерии) с применением химического лизиса и механической гомогенизации;
Электрофорез нуклеиновых кислот и белков в геле;
Количественная оценка концентрации нуклеиновых кислот и белков методами спектрофотометрии и флюориметрии;
Полимеразная цепная реакция, в том числе ПЦР в режиме реального времени;
Приготовление ДНК-библиотек для высокопроизводительного секвенирования;
Высокопроизводительное секвенирование на платформах MiSeq (Illumina) и MinION (Oxford Nanopore) с целью таргетного секвенирования ампликонов, полногеномного секвенирования, оценки метагенома и транскриптома;
Жидкостная препаративная высокоэффективная хроматография органических соединений;
Лиофильное высушивание биологических образцов и микробных культур.

Важнейшие результаты

С применением технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК исследованы разнообразие и таксономический состав микробиомов организма человека в норме и при патологии, в том числе в ротовой полости, кишечнике, опухолях разной локализации (пищевод, почки, легкие, кишечник);
Выполнено высокопроизводительное секвенирование, сборка геномов и их депонирование в NCBI более 100 различных культур бактерий и архей, включая штаммы, перспективные для производства БАД, продуктов лечебного и функционального питания;
С применением технологии ДНК-метабаркодинга охарактеризована структура микробных сообществ континентальных и пресных, соленых и солоноватых водоемов, бактерий-ассоциантов протистов, степных почв;
Получены новые данные о разнообразии, морфологии, ультраструктуре и молекулярной филогении галофильных и галотолерантных протистов в континентальных солоноватых и соленых водоемах, описаны новые таксоны, охарактеризовано их филогенетическое положение.

Особенности проведения работ в ЦКП

Оказание услуг и проведение работ в ЦКП осуществляется в соответствии с действующим Положением о ЦКП, Регламентом работы ЦКП, внутренними локальными актами ОФИЦ УрО РАН, ИКВС УрО РАН и договором, заключенным с Заказчиком (при наличии).

Заявки на проведение работ в ЦКП подаются в письменной форме руководителями подразделений ИКВС УрО РАН, временных творческих коллективов, выполняющих работы по грантам или руководителями сторонних организаций и их подразделений.

Все пользователи, выполняющие работы на базе ЦКП, обязаны указывать на это в публикациях. Примеры ссылок: «Секвенирование выполнено на базе ЦКП «Персистенция микроорганизмов» ИКВС УрО РАН (Оренбург)» или «Sequencing was conducted in the Science Research Center “Persistence of microorganisms” of ICIS UB RAS (Orenburg, Russia)».

Услуги

Выделение ДНК из биологического материала, предоставленного заказчиком с проверкой качества на спектрофотометре Nanodrop.
Выделение РНК из биологического материала, предоставленного заказчиком с использованием TRIzol LS.
Электрофорез выделенной ДНК в агарозном геле.
Очистка выделенной ДНК методом препаративного электрофореза в агарозном геле с концентрацией на частицах диоксида кремния.
Оценка концентрации двухцепочечной ДНК и РНК на приборе Qubit 4.0.
Приготовление ампликоновой или геномной ДНК-библиотеки с индексами Nextera для секвенирования на приборах Illumina с измерением концентрации на Qubit 4.0.
Приготовление РНК-библиотеки для оценки транскриптома с помощью наборов для пробоподготовки NEBNext Ultra II Directional и QIAseq FastSelect/rRNA HMR Kit для секвенирования на приборах Illumina с измерением концентрации на приборе Qubit 4.0.
Приготовление библиотек для секвенирования на приборе MinION (Oxford Nanopore Technologies).
Секвенирование ампликоновых и геномных ДНК-библиотек на приборе MiSeq Illumina
Секвенирование на приборе MinION (Oxford Nanopore Technologies).
Биоинформатический анализ результатов секвенирования.
Депонирование генома в международной базе данных GenBank, NCBI.
Проведение ПЦР на 96 реакций в режиме реального времени с праймерами и ДНК, предоставленными заказчиком.
Получение хроматографического профиля с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии.
Лиофильное высушивание биологических образцов

Полный перечень услуг и их стоимость

Оборудование

Высокопроизводительный ДНК секвенатор MiSeq (Illumina Inc., США)
Система капиллярного гель-электрофореза QIAxcel Advanced (QIAGEN, Германия)
ПЦР-амплификатор в режиме реального времени CFX Connect (Bio-Rad, США)
Флуориметр Qubit 4 (Thermo Scientific, США)
Градиентная высокоэффективная жидкостная хроматографическая система с многоволновым спектрофотометрическим детектором Smartline (Knauer, Германия)
Система гель-документирования INFINITY-3026, ML/LC/26M X-Press (Vilber Lourmat, Франция)
Камера для горизонтального электрофореза (ООО «Компания Хеликон», Россия) и источник питания PowerPack Basic Power Supply (Bio-Rad, США)
Нанопоровый высокопроизводительный ДНК/РНК секвенатор MinION (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания)
Микроскоп инвертированный Eclipse Ts2 (Nikon Corporation, Япония)
Микроскоп Axioskop с камерой Axiocam (Carl Zeiss, Германия)
Морозильный шкаф сверхглубокой заморозки UF V 700 (Binder, Германия)

Документы

Контактная информация

Заведующий ЦКП:
Андрей Олегович Плотников,
кандидат медицинских наук, доцент

Местонахождение и почтовый адрес ЦКП:
г. Оренбург, ул. Пионерская, д. 11.
Телефон: (3532) 77-54-17
E-mail: icis@list.ru