Центр коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов»
Центр коллективного пользования научным оборудованием «Персистенция микроорганизмов» организован 30 июня 2014 г. в Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН. В настоящее время в ЦКП работает 10 сотрудников, в том числе 2 доктора наук, 6 кандидатов наук, два лаборанта.
Цель деятельности ЦКП
Повышение доступности исследовательской инфраструктуры и эффективности ее использования для выполнения исследовательских программ и проектов по приоритетным направлениям НТР (проведения ориентированных фундаментальных и прикладных научных исследований), а также разработки важнейших наукоемких технологий.
Задачи ЦКП
- Предоставление услуг организациям, выполняющим научные исследования и разработки.
- Участие в исследованиях этих организаций, выполняемых по приоритетным направлениям НТР.
- Формирование коллекции микроорганизмов и их консорциумов с использованием уникальной научной установки (УНУ) «Сетевая коллекция симбионтных микроорганизмов и их консорциумов ИКВС УрО РАН».
- Повышение квалификации специалистов и подготовка кадров в области микробиологии и молекулярной биологии (курсы повышения квалификации, стажировка, семинары, тренинги).
- Обеспечение единства и достоверности измерений при проведении научных исследований, включающее калибровку и поверку оборудования, разработку и применение аттестованных методик.
- Содержание и развитие материально-технической базы ЦКП путем оснащения современным научным оборудованием.
Основные методики, реализуемые в ЦКП
- Выделение ДНК и РНК из биологических объектов (растения, животные, грибы, бактерии) с применением химического лизиса и механической гомогенизации;
- Электрофорез нуклеиновых кислот и белков в геле;
- Количественная оценка концентрации нуклеиновых кислот и белков методами спектрофотометрии и флюориметрии;
- Полимеразная цепная реакция, в том числе ПЦР в режиме реального времени;
- Приготовление ДНК-библиотек для высокопроизводительного секвенирования;
- Высокопроизводительное секвенирование на платформах MiSeq (Illumina) и MinION (Oxford Nanopore) с целью таргетного секвенирования ампликонов, полногеномного секвенирования, оценки метагенома и транскриптома;
- Жидкостная препаративная высокоэффективная хроматография органических соединений;
- Лиофильное высушивание биологических образцов и микробных культур.
Важнейшие результаты
- С применением технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК исследованы разнообразие и таксономический состав микробиомов организма человека в норме и при патологии, в том числе в ротовой полости, кишечнике, опухолях разной локализации (пищевод, почки, легкие, кишечник);
- Выполнено высокопроизводительное секвенирование, сборка геномов и их депонирование в NCBI более 100 различных культур бактерий и архей, включая штаммы, перспективные для производства БАД, продуктов лечебного и функционального питания;
- С применением технологии ДНК-метабаркодинга охарактеризована структура микробных сообществ континентальных и пресных, соленых и солоноватых водоемов, бактерий-ассоциантов протистов, степных почв;
- Получены новые данные о разнообразии, морфологии, ультраструктуре и молекулярной филогении галофильных и галотолерантных протистов в континентальных солоноватых и соленых водоемах, описаны новые таксоны, охарактеризовано их филогенетическое положение.
Особенности проведения работ в ЦКП
Оказание услуг и проведение работ в ЦКП осуществляется в соответствии с действующим Положением о ЦКП, Регламентом работы ЦКП, внутренними локальными актами ОФИЦ УрО РАН, ИКВС УрО РАН и договором, заключенным с Заказчиком (при наличии).Заявки на проведение работ в ЦКП подаются в письменной форме руководителями подразделений ИКВС УрО РАН, временных творческих коллективов, выполняющих работы по грантам или руководителями сторонних организаций и их подразделений.
Все пользователи, выполняющие работы на базе ЦКП, обязаны указывать на это в публикациях. Примеры ссылок: «Секвенирование выполнено на базе ЦКП «Персистенция микроорганизмов» ИКВС УрО РАН (Оренбург)» или «Sequencing was conducted in the Science Research Center “Persistence of microorganisms” of ICIS UB RAS (Orenburg, Russia)».
Услуги
- Выделение ДНК из биологического материала, предоставленного заказчиком с проверкой качества на спектрофотометре Nanodrop.
- Выделение РНК из биологического материала, предоставленного заказчиком с использованием TRIzol LS.
- Электрофорез выделенной ДНК в агарозном геле.
- Очистка выделенной ДНК методом препаративного электрофореза в агарозном геле с концентрацией на частицах диоксида кремния.
- Оценка концентрации двухцепочечной ДНК и РНК на приборе Qubit 4.0.
- Приготовление ампликоновой или геномной ДНК-библиотеки с индексами Nextera для секвенирования на приборах Illumina с измерением концентрации на Qubit 4.0.
- Приготовление РНК-библиотеки для оценки транскриптома с помощью наборов для пробоподготовки NEBNext Ultra II Directional и QIAseq FastSelect/rRNA HMR Kit для секвенирования на приборах Illumina с измерением концентрации на приборе Qubit 4.0.
- Приготовление библиотек для секвенирования на приборе MinION (Oxford Nanopore Technologies).
- Секвенирование ампликоновых и геномных ДНК-библиотек на приборе MiSeq Illumina
- Секвенирование на приборе MinION (Oxford Nanopore Technologies).
- Биоинформатический анализ результатов секвенирования.
- Депонирование генома в международной базе данных GenBank, NCBI.
- Проведение ПЦР на 96 реакций в режиме реального времени с праймерами и ДНК, предоставленными заказчиком.
- Получение хроматографического профиля с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии.
- Лиофильное высушивание биологических образцов
Оборудование
- Высокопроизводительный ДНК секвенатор MiSeq (Illumina Inc., США)
- Система капиллярного гель-электрофореза QIAxcel Advanced (QIAGEN, Германия)
- ПЦР-амплификатор в режиме реального времени CFX Connect (Bio-Rad, США)
- Флуориметр Qubit 4 (Thermo Scientific, США)
- Градиентная высокоэффективная жидкостная хроматографическая система с многоволновым спектрофотометрическим детектором Smartline (Knauer, Германия)
- Система гель-документирования INFINITY-3026, ML/LC/26M X-Press (Vilber Lourmat, Франция)
- Камера для горизонтального электрофореза (ООО «Компания Хеликон», Россия) и источник питания PowerPack Basic Power Supply (Bio-Rad, США)
- Нанопоровый высокопроизводительный ДНК/РНК секвенатор MinION (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания)
- Микроскоп инвертированный Eclipse Ts2 (Nikon Corporation, Япония)
- Микроскоп Axioskop с камерой Axiocam (Carl Zeiss, Германия)
- Морозильный шкаф сверхглубокой заморозки UF V 700 (Binder, Германия)
Документы
Контактная информация
Заведующий ЦКП:Андрей Олегович Плотников,
кандидат медицинских наук, доцент
Местонахождение и почтовый адрес ЦКП:
г. Оренбург, ул. Пионерская, д. 11.
Телефон: (3532) 77-54-17
E-mail: icis@list.ru
