Хлопко Юрий Александрович

Сведения об образовании и защищенных диссертациях

1992-1997 – специалитет по специальности «Механизация сельского хозяйства» в Оренбургском государственном аграрном университете

1997-2000 – аспирантура по специальности «Технологии и средства механизации сельского хозяйства» в Оренбургском государственном аграрном университете

2001 – защита кандидатской диссертации по теме: «Совершенствование технических параметров и методов инженерной оценки стригальных машинок»

2016 – защита докторской диссертации по теме: «Технико-технологическое обоснование процесса механической обработки кожного покрова животных»

Сведения о трудовой деятельности

1 сентября 2014 – настоящее время: ведущий научный сотрудник ЦКП ИКВС УрО РАН

2012 – 31 августа 2014: старший научный сотрудник ЦКП ИКВС УрО РАН

2006 – 2012: старший научный сотрудник отдела биотехнических систем ОНЦ УрО РАН

2000 – 2006: преподаватель, старший преподаватель, доцент Оренбургского государственного аграрного университета

Область экспертизы

Технические и технологические процессы производства и переработки сельскохозяйственной продукции

Проекты, гранты

Грант РФФИ № 16-44-560234 «Оценка разнообразия протистов в соленых и солоноватых континентальных водоёмах методом высокопроизводительного секвенирования», 2016 г., исполнитель

Грант РФФИ № 16-44-560316 Роль протистов в формировании экстремально галофильного микробного сообщества, 2016 г., исполнитель

Грант РФФИ № 17-04-02079 «Комплексная оценка разнообразия гетеротрофных протистов в гипергалинных водоемах с экстремальной соленостью», 2017- 2019 гг., исполнитель

Грант РФФИ № 18-44-560009 «Метабаркодинг и филогенетический анализ сообществ центрохелидных солнечников в континентальных водоемах методом высокопроизводительного секвенирования», 2018 г., исполнитель

Грант РФФИ № 19-04-01256 «Микромиры для микроорганизмов: прокариотные консорциумы, ассоциированные с инфузориями», 2019 – 2021 гг., исполнитель

Публикации

2025

Selivanova E. A., Khlopko Y.A., Plotnikov, A. O. Prokaryotic assemblages of halophilic protists in laboratory cultures.// Protistology 19 (1): 34–55 (2025) | doi:10.21685/1680-0826-2025-19-1-4.

2024

Вивтаненко Т.В., Попова Л.Ю., Хлопко Ю.А., Демина Р.Р. Состояние микробиома десневой борозды детей с бронхиальной астмой.// Доктор.Ру. 2024, 23(3):42–48. doi: 10.31550/1727-2378-2024-23-3-42-48.\

Ryazanov V.A., Duskaev G.K., Sheida E.V., Khlopko Y.A.,  Plotnikov A.O. Effect of Artemisia absinthium (Asteraceae) and Cobalt Supplementation on Rumen Bacterial Community in Cattle.// Indian Journal of Animal Research 2024, 58(8): 1266-1274. doi: 10.18805/IJAR.BF-1694

Selivanova E.A., Balkin A.S., Khlopko Y.A., Kataev V. Ya., Plotnikov A. O. The Genome of a New Halorubrum distributum Strain ICIS4 Isolated from the Culture of a Microalga Dunaliella salina.// Microbiology 2024,  93, 482–486 doi: 10.1134/S0026261723604426.

Selivanova E. A., Yakimov M. M., Kataev V. Y., Khlopko Y.A., Balkin A. S., Plotnikov, A. O. The Cultivation of Halophilic Microalgae Shapes the Structure of Their Prokaryotic Assemblages.// Microorganisms 2024, 12(10), 1947. DOI: 10.3390/microorganisms12101947

2022

Gladysheva, I.V., Cherkasov, S.V., Khlopko, Y.A., Plotnikov, A.O. Genome Characterization and Probiotic Potential of Corynebacterium amycolatum Human Vaginal Isolates (2022) Microorganisms, V. 10 (2). DOI: 10.3390/microorganisms10020249

Gorbunov, M.Y., Khlopko, Y.A., Kataev, V.Y., Umanskaya, M.V. Bacterial Diversity in Attached Communities of a Cold High-Sulfide Water Body in European Russia (2022) Microbiology (Russian Federation), V. 91 (1), pp. 77-90. DOI: 10.1134/S0026261722010040

Gladysheva, I.V., Khlopko, Y.A., Cherkasov, S.V., Kataev, V.Y. Genome sequence of Corynebacterium amycolatum ICIS 99 isolated from human vagina reveals safety and beneficial properties (2022) Archives of Microbiology, V. 204 (4) DOI: 10.1007/s00203-022-02852-7

Kovaleva, O.V., Podlesnaya, P., Sorokin, M., Mochalnikova, V., Kataev, V., Khlopko, Y.A., Plotnikov, A.O., Stilidi, I.S., Kushlinskii, N.E., Gratchev, A. Macrophage Phenotype in Combination with Tumor Microbiome Composition Predicts RCC Patients’ Survival: A Pilot Study (2022) Biomedicines, V. 10 (7). DOI: 10.3390/biomedicines10071516

Sizova E, Yausheva E, Marshinskaia O, Kazakova T, Khlopko Y, and Lebedev S  Elemental composition of the hair and milk of black-spotted cows and its relationship with intestinal microbiome reorganization, (2022)Veterinary World, V. 15(11), P: 2565–2574. DOI: 10.14202/vetworld.2022.2565-2574

Сизова Е.А., Яушева Е.В., Хлопко Ю.А., Лебедев С.В., Маршинская О.В., Казакова Т.В. Оценка влияния биоаккумуляции микроэлементов в шерсти и молоке коров на кишечный микробиом // Российская сельскохозяйственная наука, 2022, №4, с. 66-72. DOI: 10.31857/S2500262722040123

Плотников А. О., Селиванова Е.А., Хлопко Ю.А., Воронов Д. А., Маторин Д.Н., Тодоренко Д.А., Краснова Е.Д. Структура и функционирование планктонных сообществ фототрофных и миксотрофных протистов в прибрежной лагуне “Озеро Кисло-Сладкое” (Белое море, Карельский берег)/ «Известия РАН. Серия географическая» 2022,  т. 86, №6, с. 985-1001. DOI: 10.31857/S2587556622060127

2021

Gladysheva, I.V., Chertkov, K.L., Cherkasov, S.V., Khlopko, Y.A., Kataev, V.Y., Valyshev, A.V. Probiotic Potential, Safety Properties, and Antifungal Activities of Corynebacterium amycolatum ICIS 9 and Corynebacterium amycolatum ICIS 53 Strains (2021) Probiotics and Antimicrobial Proteins, DOI: 10.1007/s12602-021-09876-3

Ignatenko, M.E., Selivanova, E.A., Khlopko, Y.A., Yatsenko-Stepanova, T.N. Algal and cyanobacterial diversity in saline rivers of the Elton Lake Basin (Russia) studied via light microscopy and next-generation sequencing (2021) Biosystems Diversity, V. 29 (1), pp. 59-66. DOI: 10.15421/012108

Kovaleva, O., Podlesnaya, P., Rashidova, M., Samoilova, D., Petrenko, A., Mochalnikova, V., Kataev, V., Khlopko, Y., Plotnikov, A., Gratchev, A. Prognostic significance of the microbiome and stromal cells phenotype in esophagus squamous cell carcinoma (2021) Biomedicines, V. 9 (7). DOI: 10.3390/biomedicines9070743

Filatov, A.V., Perepelov, A.V., Shashkov, A.S., Burygin, G.L., Gogoleva, N.E., Khlopko, Y.A., Grinev, V.S. Structure and genetics of the O-antigen of Enterobacter cloacae K7 containing di-N-acetylpseudaminic acid (2021) Carbohydrate Research, V. 508. DOI: 10.1016/j.carres.2021.108392

Sycheva, M.V., Popova, E.V., Khlopko, Y.A., Pashkova, T.M., Kartashova, O.L., Kataev, V.Y., Gerasimenko, V.V., Vasilchenko, A.V. Genome analysis of the probiotic strain enterococcus faecium Ef79OSAU (2021) Microbiology Resource Announcements, V. 10 (42). DOI: 10.1128/MRA.00691-21.

2020

Sycheva, M.V., Popova, L.P., Pashkova, T.M., Khlopko, Y.A., Kartashova, O.L., Andreeva, A.V., Poshvina, D.V. Genomic sequence of the strain Enterococcus faecium ICIS 18 (2020) Microbiology Resource Announcements, V. 9                   DOI: 10.1128/MRA.01349-19

Gerasimova, E.A., Plotnikov, A.O., Khlopko, Y.A., Zlatogursky, V.V. Multiple Euryhaline Lineages of Centrohelids (Haptista: Centroplasthelida) in Inland Saline Waters Revealed with Metabarcoding (2020) Journal of Eukaryotic Microbiology, V/ 67 (2), pp. 223-231. DOI: 10.1111/jeu.12776

Kovaleva, O., Podlesnaya, P., Rashidova, M., Samoilova, D., Petrenko, A., Zborovskaya, I., Mochalnikova, V., Kataev, V., Khlopko, Y., Plotnikov, A., Gratchev, A. Lung microbiome differentially impacts survival of patients with non-small cell lung cancer depending on tumor stroma phenotype (2020) Biomedicines, V/ 8 (9)       DOI: 10.3390/BIOMEDICINES8090349

Kashkak, E.S., Kataev, V.Y., Khlopko, Y.A., Budagaeva, V.G., Danilova, E.V., Oorzhak, U.S., Dagurova, O.P., Plotnikov, A.O. Data on draft genome sequence of stenotrophomonas sp. SAM-B isolated from a mineral cold spring located in Tyva, southern Siberia (2020) Data in Brief, V. 32, DOI: 10.1016/j.dib.2020.106278

Kataev, V.Y., Sleptsov, I.I., Martynov, A.A., Aduchiev, B.K., Khlopko, Y.A., Miroshnikov, S.A., Cherkasov, S.V., Plotnikov, A.O. Data on rumen and faeces microbiota profiles of Yakutian and Kalmyk cattle revealed by high-throughput sequencing of 16S rRNA gene amplicons (2020) Data in Brief, V. 33                    DOI: 10.1016/j.dib.2020.106407.

Патенты, программы для ЭВМ и другие РИД

2023

Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2022685268 Генетическая идентификация урогенитальных штаммов Staphylococcus aureus, как возбудителей хронического бактериального простатита / Карташова О.Л., Пашкова Т.М., Пашинина О.А., Попова Л.П., Хлопко Ю.А.

2020

Пат. № 2716713 Способ диагностики стадии острого пиелонефрита / Щуплова Е.А., Кузьмин М.Д., Черкасов С.В., Хлопко Ю.А. Опубл. 16.03.2020 Бюл. №8.

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020613808 Дифференциация штаммов Escherichia coli, выделенных у больных мочекаменной болезнью, осложненной хроническим пиелонефритом, по их генетическому профилю / Карташова О.Л., Пашкова Т.М., Морозова Н.В., Кузьмин М.Д., Мещеряков А.О., Попова Л. П., Хлопко Ю.А.

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020618941 Дифференциация стадий острого пиелонефрита на основе выявления бактерий в образцах крови больных / Щуплова Е.А., Кузьмин М.Д., Хлопко Ю.А., Черкасов С.В.

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020660092 Дифференциация по факторам персистенции штаммов Escherichia соli, выделенных из мочи кошек при мочекаменной болезни или цистите / Карташова О.Л., Пашкова Т.М., Морозова Н.В., Сычева М.В.,  Хлопко Ю.А.

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020660093 Дифференциация по факторам персистенции штаммов Staphylococcus epidermidis, выделенных из мочи кошек при мочекаменной болезни или цистите / Карташова О.Л., Пашкова Т.М., Морозова Н.В., Сычева М.В.,  Хлопко Ю.А.

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020660094 Дифференциация по факторам персистенции штаммов Staphylococcus aureus, выделенных из мочи кошек при мочекаменной болезни или цистите / Карташова О.Л., Пашкова Т.М., Морозова Н.В., Сычева М.В.,  Хлопко Ю.А.

Участие в конференциях с докладами

2025

V Всероссийская конференция с международным участием «Актуальные проблемы планктонологии», Светлогорск, 08–12 сентября 2025 г. «Изучение видового разнообразия Centroplasthelida в водоемах биологического заказника «Светлинский» по данным метабаркодинга и сканирующей электронной микроскопии». Соавтор доклада

Пятая Всероссийская молодёжная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах», Оренбург, 06–10 октября, 2025 г. Устный доклад «Сообщества гетеротрофных протистов в водоемах Шалкаро- Жетыкольского озерного района (Оренбургская область, Россия)». Соавтор доклада

2024

43rd CIESM Congress, Palerme(Italie), 14 – 18 Октября 2024 г. «Genetic diversity and phylogeny of new halophilic microalga strains from remote saline sites». Соавтор доклада

15th International Conference on Salt LakeResearch (ICSLR’24), Antalya, Türkiye,  November 04-08, 2024 «Microbiomes of Halophilic Algae Under Laboratory Cultivation». Соавтор доклада

2023

LXXVI Герценовские чтения. География: развитие науки и образования. Международной научно-практическая конференция.  Санкт-Петербург, 19–21 апреля 2023 г.«Вертикальная структура сообществ прокариот меромиктического озера Кисло-Сладкое (Кандалакшский залив, Белое море)» Соавтор доклада

III Всероссийская конференция с международным участием «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний». Улан-Удэ – Байкальск, 03 — 07 июля 2023 г. «Изменения сообществ прокариот, ассоциированных с галофильными протистами, при переходе к лабораторному культивированию». Соавтор доклада.

III Всероссийская конференция с международным участием «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний». Улан-Удэ – Байкальск, 03 — 07 июля 2023 г. «Разнообразие эукариотических микроорганизмов в соленых водоемах Крыма по данным днк-метабаркодинга».  Соавтор доклада.

2022

VI Всероссийская научная конференция с международным участием и школа молодых ученых «Водоросли: проблемы таксономии и экологии, использование в мониторинге и биотехнологии», Москва, 12-18 сентября, 2022 г.. Секционный доклад, «Структурно-функциональная организация планктонных альгоценозов в прибрежной лагуне “озеро Кисло-сладкое” (Белое море, Карельский берег)», соавтор доклада

2021

Четвертая Всероссийская молодёжная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах», Оренбург, 04–08 октября, 2021 г. Устный доклад «Структура и разнообразие сообществ протистов в меромиктическом озере кисло-сладкое (кандалакшский залив белого моря)». Соавтор доклада

Четвертая Всероссийская молодёжная научная школа-конференция с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах», Оренбург, 04–08 октября, 2021 г. Устный доклад «Таксон-специфичный метабаркодинг как современный метод оценки структуры сообществ солнечников в водных экосистемах». Соавтор доклада

Всеросийская конференция «биология водных экосистем в XXI веке: факты, гипотезы, тенденции», Борок, 21 — 24 ноября, 2021 г. Секционный  доклад «Разнообразие протистов в соленых водоемах России по данным ДНК-метабаркодинга». Соавтор доклада

Научные награды, премии

2017, 2019 гг. – Персональная стипендия губернатора Оренбургской области молодым ученым – докторам наук

Членство в диссертационных советах

Диссертационный совет Д 220.051.02,  04.2018 – 08. 2022 .г.

Участие в научной экспертизе

Экспертиза конкурсных работ представленных на конкурс по присуждению молодым ученым персональных стипендий и премий Оренбургской области

Образовательная деятельность

Читает лекции для аспирантов ИКВС Ур О РАН по дисциплине «Основы статистики и анализа данных»

Проводит обучение на курсах повышения квалификации ИКВС УрО РАН: «Введение в биоинформатику. Биоинформатическая обработка результатов высокопроизводительного секвенирования 16S ампликонов»

Дополнительная информация, характеризующая научную, инновационную и научно-популяризаторскую деятельность

Чтение лекции в центре «Гагарин», Оренбург

Куратор сектора интерактивной базы данных штаммов микроорганизмов, геномов и метагеномов Сетевой  коллекции симбионтных микроорганизмов и их консорциумов

Руководитель  Сетевой  коллекции симбионтных микроорганизмов и их консорциумов (СКСМ ИКВС УрО РАН)