Плотников Андрей Олегович

Сведения об образовании и защищенных диссертациях

1993-1999 – обучение по специальности «Лечебное дело» в Оренбургской государственной медицинской академии

1999-2002 – аспирантура по специальности «Микробиология» в Оренбургской государственной медицинской академии на кафедре микробиологии, вирусологии, иммунологии

2002 – защита кандидатской диссертации по теме «Механизмы формирования протозойно-бактериальных ассоциаций в водных экосистемах (экспериментальное исследование)»

Сведения о трудовой деятельности

1 марта 1997 – 1 мая 2002: старший лаборант лаборатории природных микробиоценозов Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

1 мая 2002 – 31 августа 2002: младший научный сотрудник лаборатории природных микробиоценозов Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

2 сентября 2002 – 30 июня 2003: научный сотрудник лаборатории природных микробиоценозов Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

1 июля 2003 – 31 августа 2009: старший научный сотрудник лаборатории природных микробиоценозов Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

1 сентября 2009 – 30 июня 2014: ведущий научный сотрудник лаборатории природных микробиоценозов (1 апреля 2011 г. переименована в лабораторию водной микробиологии)  Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

1 июля 2014 – по настоящее время: заведующий ЦКП «Персистенция микроорганизмов» Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

23 октября 2017 – 6 апреля 2022: врио директора Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

6 апреля 2022 – по настоящее время:  директор Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН

Область экспертизы

структура и функционирование микробных сообществ, биоразнообразие свободноживущих протистов,  ассоциации бактерий и протистов, персистенция патогенных бактерий в природных экосистемах, микробиом протистов, микробиом человека

Подготовка научных кадров

Логинова Анастасия Константиновна, диссертация «Структурно-функциональные изменения гипоталамо-гипофизарно-гонадной системы крыс в условиях воздействия дестабилизирующих факторов» (2013) на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальностям: 03.03.04 – Клеточная биология, цитология, гистология и 03.02.03 – Микробиология

Герасимова Елена Анатольевна, диссертация «Морфология и разнообразие центрохелидных солнечников водоёмов и водотоков степной и лесостепной зоны Заволжско-Уральского региона» (2020) на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности: 03.02.04 – Зоология

Проекты, гранты

тема научных исследований по государственному заданию для ИКВС УрО РАН «Исследование симбиотических систем про- и эукариот в биологии и медицине», №FUUG-2022-0007, 2022-2026, исполнитель

проект по гранту РНФ «Структура микробиомов галофильных водорослей и особенности их взаимоотношений при культивировании», №23-24-10062, 2023-2024, руководитель

проект по гранту РНФ «Сожители и гости: геномный и метагеномный анализ симбиозов между инфузориями и бактериями», №16-14-10157, 2016-2018, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Микромиры для микроорганизмов: прокариотные консорциумы, ассоциированные с инфузориями», № 19-04-01256-А, 2019-2021, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Метабаркодинг и филогенетический анализ сообществ центрохелидных солнечников в континентальных водоемах методом высокопроизводительного секвенирования», № 18-44-560009-р_а, 2019-2021, руководитель

проект по гранту РФФИ «Микроскопические эукариоты из арктической вечной мерзлоты: разнообразие и механизмы выживания», № 18-04-00824-А, 2018-2020, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Морфовиды против филотипов: изучение разнообразия гетеротрофных жгутиконосцев Кореи и России», № 18-504-51028-НИФ_а, 2018-2020, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Комплексная оценка разнообразия гетеротрофных протистов в гипергалинных водоемах с экстремальной соленостью», №17-04-02079-А, 2017-2019, руководитель

проект по гранту РФФИ «Функциональные особенности организации структуры планктонных и донных сообществ речных экосистем на примере соленых рек бассейна гипергалинного оз. Эльтон», № 17-04-00135-А, 2017-2019, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Оценка разнообразия протистов в соленых и солоноватых континентальных водоемах методом высокопроизводительного секвенирования», №16-44-560234–р_а, 2016, руководитель

проект по гранту РФФИ «Роль протистов в формировании экстремально галофильного микробного сообщества», №16-44-560316–р_а, 2016, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Комплексная ревизия биоразнообразия амебоидных протистов на территории Российской Федерации», №15-29-02749–офи_м, 2015-2017, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Создание интегрированной информационной web-системы по биоразнообразию протистов», №15-29-02518–офи_м, 2015-2017, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Молекулярно-генетические механизмы, обеспечивающие выживание и размножение протеобактерий в водных экосистемах», №14-04-01796-А, 2014-2016, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Изучение биоразнообразия и путей эволюции галофильных амебофлагеллят (Excavata, Heterolobosea) в условиях экстремальной солености», №14-04-97069-р_поволжье_а, 2014-2015, руководитель

проект по гранту РФФИ «Разнообразие планктонных и донных сообществ высокоминерализованных рек аридной зоны Приэльтонья; популяционные адаптации гидробионтов к экстремальным факторам», №13-04-00740-А, 2013-2015, исполнитель

проект по гранту РФФИ «Научный проект проведения экспедиции по изучению разнообразия планктонных и донных сообществ высокоминерализованных водоемов аридной зоны Приэльтонья», №13-04-10119-К, 2013, исполнитель

Публикации

2023

Lavrentyeva E., Banzaraktsaeva T., Dambaev V., Buyantueva L., Valova E., Ivanov V., Plotnikov A. Taxonomic diversity and functional potential of microbial communities in salt lakes Gudzhirganskoe and Nukhe-Nur (Barguzin depression, Baikal rift zone) // Biological Communications. 2023. V. 68(2). P. 86-96. https://doi.org/10.21638/spbu03.2023.203

Рыжманова Я.В., Трубицын В.Э., Ривкина Е.М., Сузина Н.Е., Плотников А.О., Катаев В.Я., Молчанов М.В., Молочков Н.В., Щербакова B.А. Новые психроактивные бактерии криопэгов полуострова Ямал // Криосфера Земли. 2023. T. XXVII. № 6. C. 51–58. DOI:10.15372/KZ20230605

Mindolina Yu.V., Selivanova E.A., Ignatenko M.E., Krasnova E.D., Voronov D.A., Plotnikov A.O. Taxonomic Composition of Protist Communities in the Coastal Stratified Lake Kislo-Sladkoe (Kandalaksha Bay, White Sea) Revealed by Microscopy // Diversity. 2023. V.15: 44. https://doi.org/10.3390/d15010044

Gerasimova E.A., Mindolina Y.V., Tikhonenkov D.V., Kataev V.Y., Balkin A.S., Mikhailov K.V., Zagumyonnyi D.G., Plotnikov A.O., Zlatogursky V.V. Unexpected ubiquity of heart-shaped scale morphotype in Centroplasthelida (Haptista): Ancestral trait or multiple acquisitions // Journal of Eukaryotic Microbiology. 2023. V. 70(6): e12992. https://doi.org/10.1111/jeu.12992

2022

Ковалева О.В., Подлесная П.А., Васильева М.В., Копнин П.Б., Балкин А.С., Плотников А.О., Кушлинский Н.Е., Грачев А.Н. Транскриптом клеток рака легкого, устойчивых к цитотоксической активности макрофагов // Доклады Российской академии наук. Науки о жизни. 2022. T. 507, № 1. С. 542-548. DOI: 10.31857/S268673892205016X [Kovaleva O.V., Podlesnaya P.A., Vasileva M.V., Kopnin P.B., Balkin A.S., Plotnikov A.O., Kushlinski N.E., Gratchev A.N. Transcriptome of Lung Cancer Cells Resistant to the Cytotoxic Activity of Macrophages // Doklady Biochemistry and Biophysics. 2022. V. 507(1). P. 312-317. https://doi.org/10.1134/S160767292205009X]

Плотников А.О., Селиванова Е.А., Хлопко Ю.А., Воронов Д.А., Маторин Д.Н., Тодоренко Д.А., Краснова Е.Д. Структура и функционирование планктонных сообществ фототрофных и миксотрофных протистов в прибрежной лагуне “Озеро Кисло-Сладкое” (Белое море, Карельский берег) // Известия Российской академии наук. Серия географическая. 2022. Т. 86, №6. С. 985-1001. https://doi.org/10.31857/S2587556622060127

Gladysheva I.V., Cherkasov S.V., Khlopko Y.A., Plotnikov A.O. Genome Characterization and Probiotic Potential of Corynebacterium amycolatum Human Vaginal Isolates // Microorganisms. 2022. V.10(№2): 249. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020249

Kovaleva O.V., Podlesnaya P., Sorokin M., Mochalnikova V., Kataev V., Khlopko Y.A., Plotnikov A.O., Stilidi I.S., Kushlinskii N.E., Gratchev A. Macrophage Phenotype in Combination with Tumor Microbiome Composition Predicts RCC Patients’ Survival: A Pilot Study // Biomedicines. 2022. V. 10(7): 1516. DOI: https://doi.org/10.3390/biomedicines10071516

2021

Zakharyuk A., Valyshev A., Plotnikov A., Kopitsyn D., Suzina N., Shcherbakova V. Trichococcus shcherbakoviae subsp. psychrophilus subsp. nov., a psychrotolerant facultative anaerobe isolated from a cold spring // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2021. V. 71(10):  005068. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005068

Balkin A.S., Plotnikov A.O., Gogoleva N.E., Gogolev Y.V., Demchenko K.N., Cherkasov S.V. Cappable-Seq Reveals Specific Patterns of Metabolism and Virulence for Salmonella Typhimurium Intracellular Survival within Acanthamoeba castellanii // International Journal of Molecular Sciences 2021. V. 22(16): 9077. https://doi.org/10.3390/ijms22169077

Kovaleva O., Podlesnaya P., Rashidova M., Samoilova D., Petrenko A., Mochalnikova V., Kataev V., Khlopko Y., Plotnikov A., Gratchev, A. Prognostic significance of the microbiome and stromal cells phenotype in esophagus squamous cell carcinoma. 2021. Biomedicines. V. 9(7): 743. https://doi.org/10.3390/biomedicines9070743

Orlova E.A., Ogarkov O.B., Suzdalnitskiy A.E., Khromova P.A., Sinkov V.V., Plotnikov A.O., Belkova N.L., Zhdanova S.N. Analysis of microbial diversity in the caseous necrosis of the tuberculosis foci // Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2021. Vol. 39(3). P. 18–24. https://doi.org/10.17116/molgen20213903118

Патенты, программы для ЭВМ и другие РИД

2018

Тихоненков Д.В., Азовский А.И., Цыганов А.Н., Прокина К.И., Бобров А.А., Плотников А.О., Мыльников А.П., Тычков А.Ю. Программа для ЭВМ. Protist. Биоразнообразие простейших. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2018617998. Дата регистрации 05.07.2018.

2012

Плотников А.О., Ермоленко Е.А., Аскаров Д.Ф., Калиева О.М., Жук М.А., Леонов М.М. Программа для ЭВМ. Программа для идентификации центрохелидных солнечников. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2012661027. Дата регистрации 05.12.2012.

2008

Немцева Н.В., Плотников А.О., Селиванова Е.А. Способ выделения галофильных и галотолерантных гетеротрофных жгутиконосцев. Патент РФ на изобретение № 2332449. Дата регистрации: 12.07.2006. Дата публикации 27.08.2008. Бюл. № 24.

2003

Бухарин О.В., Плотников А.О., Немцева Н.В., Сгибнев А.В. Способ определения антигистоновой активности микроорганизмов. Патент РФ  на изобретение № 2203956. Дата регистрации: 06.12.2001. Дата публикации 10.05.2003. Бюл. №13.

Участие в конференциях с докладами

2023

Вертикальная структура сообществ прокариот меромиктического озера Кисло-Сладкое (Кандалакшский залив, Белое море). Селиванова Е.А., Хлопко Ю.А., Краснова Е.Д., Воронов Д.А., Плотников А.О., Миндолина Ю.В. Международная научно-практическая конференция: LXXVI Герценовские чтения. География: развитие науки и образования. Санкт-Петербург, Россия. 19-21 апреля 2023 г., секционный, докладчик.

Таксономический состав сообществ протистов в стратифицированной прибрежной лагуне на Зеленом мысе (Кандалакшский залив, Белое море). Миндолина Ю.В., Краснова Е.Д., Воронов Д.А., Плотников А.О. Международная научно-практическая конференция: LXXVI Герценовские чтения. География: развитие науки и образования. Санкт-Петербург, Россия. 19-21 апреля 2023 г., секционный, соавтор доклада.

Разнообразие эукариотических микроорганизмов в соленых водоемах Крыма по данным ДНК-метабаркодинга. Плотников А.О., Селиванова Е.А., Хлопко Ю.А., Катаев В.Я., Балкин А.С. III Всероссийская конференция с международным участием «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний», посвященная 80-летию д.б.н., проф. Б.Б. Намсараева, 100-летию Республики Бурятия, 300-летию Российской академии наук, Улан-Удэ – Байкальск, Россия. 3-7 июля 2023 г., секционный, докладчик.

Diversity of protist communities in the extreme environments revealed by metabarcoding. Gogoleva N., Balkin A., Nasyrova M., Malygina A., Polyakova E., Gogolev Yu., Shagimardanova E., Potekhin A., Plotnikov A. IX European Congress of Protistology (ECOP) joint with Congress of the International Society of Protistologists (ISOP), Вена, Австрия. 9-14 июля 2023, постер, соавтор доклада.

Сравнительная характеристика сообществ прокариот в ассоциациях с галофильными микроводорослями при переходе к лабораторному культивированию. Селиванова Е.А., Катаев В.Я., Хлопко Ю.А., Плотников А.О. 4-й Российский Микробиологический Конгресс, Томск, Россия. 24-29 сентября 2023, постер, соавтор доклада.

2022

Starvation response of Salmonella enterica at various population density. Kataev V., Gogoleva N., Gogolev Y., Balkin A., Plotnikov A., Cherkasov S. FEMS Conference on Microbiology. Белград, Сербия. 30 июня – 2 июля 2022 г., постер, соавтор доклада.

Микробиомы двух массовых видов инфузорий из меромиктического озера Трехцветное (Кандалакшский залив, Белое море). Плотников А.О., Миндолина Ю.В., Хлопко Ю.А., Воронов Д.А., Краснова Е.Д. XXIX Береговая конференция: Натурные и теоретические исследования – в практику берегопользования: Всероссийская конференция с международным участием. Калининград, Россия. 18-24 апреля, 2022 г., секционный, докладчик.

Видовое богатство и вертикальное распределение гетеротрофных протистов в меромиктических озерах Кисло-Сладкое и Трехцветное (Кандалакшский залив Белого моря). Миндолина Ю.В., Краснова Е.Д., Воронов Д.А., Плотников А.О. XXIX Береговая конференция: Натурные и теоретические исследования – в практику берегопользования: Всероссийская конференция с международным участием. Калининград, Россия. 18-24 апреля, 2022 г., секционный, соавтор доклада.

Видовое богатство и вертикальное распределение протистов в прибрежном стратифицированном озере Кисло-Сладкое (Кандалакшский залив Белого моря). Миндолина Ю.В., Селиванова Е.А., Краснова Е.Д., Воронов Д.А., Игнатенко М.Е., Плотников А.О. Актуальные проблемы планктонологии: IV Всероссийская конференция с международным участием. Светлогорск, Россия. 25-30 сентября 2022 г., секционный, соавтор доклада.

2021

Разнообразие протистов в соленых водоемах России по данным ДНК-метабаркодинга. Плотников А.О., Селиванова Е.А., Хлопко Ю.А., Катаев В.Я., Балкин А.С. Биология водных экосистем в XXI веке: факты, гипотезы, тенденции: Всероссийская конференция, посвященная 65-летию Института биологии внутренних вод имени И. Д. Папанина Российской академии наук. Борок, Россия. 22–26 ноября 2021 г., секционный, докладчик.

Разнообразие и стабильность микробиомов пресноводных инфузорий. Потехин А.А., Хлопко Ю.А., Катаев В.Я., Балкин А.С., Пенькова Е.В., Плотников А.О. Биология водных экосистем в XXI веке: факты, гипотезы, тенденции: Всероссийская конференция, посвященная 65-летию Института биологии внутренних вод имени И. Д. Папанина Российской академии наук. Борок, Россия. 22–26 ноября 2021 г., секционный, соавтор доклада.

Метабаркодинговые исследования протистов реки Волги. Тихоненков Д.В., Загуменный Д.Г., Беляев А.О., Плотников А.О., Герасимов Ю.В. Биология водных экосистем в XXI веке: факты, гипотезы, тенденции: Всероссийская конференция, посвященная 65-летию Института биологии внутренних вод имени И. Д. Папанина Российской академии наук. Борок, Россия. 22–26 ноября 2021 г., пленарный, соавтор доклада.

Особенности метаболизма и вирулентности Salmonella Typhimurium в условиях фагоцитоза Acanthamoeba castellanii. Плотников А.О., Балкин А.С., Гоголева Н.Е., Гоголев Ю.В., Черкасов С.В. 3-й Российский микробиологический конгресс. Псков, Россия. 26 сентября – 1 октября 2021 г., постер, докладчик.

Транскриптомный анализ Salmonella enterica в условиях голодания при различной плотности популяции. Катаев В.Я., Гоголева Н.Е., Балкин А.С., Плотников А.О., Черкасов С.В, Гоголев Ю.В. 3-й Российский микробиологический конгресс. Псков, Россия. 26 сентября – 1 октября 2021 г., постер, соавтор доклада.

Структурная и функциональная характеристика микробных сообществ пещеры Шульган-Таш (Башкортостан). Гоголева Н.Е., Балкин А.С., Червяцова О.Я., Бойцова М.Д., Кузьмина Л.Ю., Плотников А.О., Шагимарданова Е.И., Гоголев Ю.В. 3-й Российский микробиологический конгресс. Псков, Россия. 26 сентября – 1 октября 2021 г., секционный, соавтор доклада.

2020

The structure and diversity of protist communities in the water column of the meromictic Kislo-Sladkoe Lake (Kandalaksha Bay, White Sea) studied with microscopy and DNA metabarcoding. Plotnikov А., Selivanova Е., Krasnova Е., Voronov D., Khlopko Yu. 39th Annual Meeting of the German Society for Protozoology. Кайзерслаутерн, Германия. 2-9 марта 2020 г., секционный, докладчик.

Salmonella transcriptional profile during phagocytosis by Acanthamoeba. Balkin A., Gogoleva N., Plotnikov A., Gogolev Yu., Cherkasov S. 39th Annual Meeting of the German Society for Protozoology. Кайзерслаутерн, Германия. 2-9 марта 2020 г., постер, соавтор доклада.

New phylogenetic lineages of centrohelids revealed with high-throughput sequencing of 18S rDNA. Gerasimova E., Plotnikov A., Khlopko Yu., Zlatogursky V. 39th Annual Meeting of the German Society for Protozoology. Кайзерслаутерн, Германия. 2-9 марта 2020 г., постер, соавтор доклада.

Protist diversity in hypersaline water bodies of Russia studied by NGS method. Poshvina D., Khlopko Yu., Plotnikov A. 39th Annual Meeting of the German Society for Protozoology. Кайзерслаутерн, Германия. 2-9 марта 2020 г., постер, соавтор доклада.

Научные награды, премии

2005 г. – премия Уральского отделения РАН для молодых ученых

2010 г. – премия Губернатора Оренбургской области в сфере науки и техники

2011 г. – персональная стипендия Губернатора Оренбургской области для молодых ученых

Членство в российских и международных научных обществах

МОО «Микробиологическое общество», являющееся коллективным членом Федерации Европейских Микробиологических Обществ (FEMS – Federation of European Microbiological Societies) с 2017 г.

Всероссийское научно-практическое общество эпидемиологов, микробиологов и паразитологов с 2002 г.

Всероссийское общество гидробиологов при РАН с 2014 г.

Общество биотехнологов России имени Ю.А. Овчинникова с 2014 г.

Международное общество протистологов (ISOP – International Society of Protistologists) с 2011 г.

Международное общество исследователей соленых озер (ISSLR – International Society for Salt lake Research) с 2017 г.

Членство в редколлегиях научных журналов

Biological communications (до 2017 г. — Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия Биология.) с 2016 г.

Frontiers in Microbiology, Review Editor по теме «Aquatic Microbiology» с 2021 г., Guest Associate Editor for the Special Issue “Microbial Associations formed and hosted by Protists, Algae, and Fungi” 2021-2023

Microorganisms, Guest Editor for the Special Issue “Omics Research in Microbial Ecology” 2022-2023

Участие в научной экспертизе

эксперт Федерального реестра экспертов научно-технической сферы с 2014 г.

Образовательная деятельность

Доцент  кафедры профилактической медицины Оренбургского государственного медицинского университета с 2015 г. Преподаёт на курсах повышения квалификации по программе повышения квалификации «Бактериология» и программе профессиональной переподготовки «Бактериология» обучающимся  Института профессионального образования (врачи-бактериологи, выпускники ординатуры медицинских вузов).

Профессор биологического факультета совместного университета МГУ-ППИ в Шэньчжене с 2021 г. (создан Московским государственным университетом имени М.В. Ломоносова, Пекинским политехническим институтом. (университетом) и Муниципальным Народным правительством Шэньчжэня)

Проводит обучение аспирантов ИКВС УрО РАН и на курсах повышения квалификации в ИКВС УрО РАН.

Дополнительная информация, характеризующая научную, инновационную и научно-популяризаторскую деятельность

Публикационные метрики на 20 февраля 2024 г.:

Всего научных трудов – 230

Web of Sciences H-index – 11

Web of Sciences Total Publications – 65

Web of Science Core Collection Publications – 51

Web of Science Sum of Times Cited – 329

Scopus H-index – 11

Scopus Total Publications – 67

Scopus Sum of Times Cited – 410

Рецензии на статьи: 50 верифицированных рецензий, зарегистрированных  в  Web of Science, в основном для журналов: Microorganisms, Microbiology Research, European Journal of Protistology, The Journal of Eukaryotic Microbiology, Biomedicines, Metabolites, Environments, Life, Biology, PLOS One